События мультфильма “Тайна Келлс” происходят в ирландской глубинке в 9 веке. Здесь, под руководством авторитарного Настоятеля, старинное аббатство Келлз укрылось от лишних глаз. Племянник этого Настоятеля – сирота по имени Брендан – славный и очень способный мальчик двенадцати лет. Он старательно трудится вместе с другими монахами – они укрепляют стены аббатства, что бы защититься от набегов викингов.

Брендана ожидает новая, полная невероятных приключений жизнь, которая начнётся с прибытием Брата Эйдана, известного мастера-иллюстратора и хранителя удивительной книги с иллюстрациями. Он возбмёт мальчика под свою опеку и покажет ему искусство иллюстрации, пробудив тем самым в мальчике интерес и потрясающий талант.